Модель кори полинга колтуна

В химии, раскраска по CPK (англ. Corey-Pauling-Koltun, рус. Кори-Полинг-Колтун) — популярная схема цветового обозначения атомов различных химических элементов в молекулярных моделях. Данная схема названа в честь молекулярной модели CPK, созданной Робертом Кори и Лайнусом Полингом и усовершенствованной Уолтером Колтуном.

История

В 1952 году, Кори и Полинг опубликовали описание объёмной модели белков и других биомолекул, которую они создали в Калифорнийском технологическом институте.[1]
Их модель представляла атомы деревянными шариками, раскрашенными в яркие цвета, соответствующие химическим элементам. Их цветовая модель включала:

• белый для водорода
• чёрный для углерода
• голубой для азота
• красный для кислорода

Они также построили уменьшенные модели, используя пластиковые шарики такой же цветовой схемы.

В 1965 году Колтун запатентовал улучшенную версию модели Кори-Полинга.[2] В своём патенте он упоминает следующие цвета:

• белый для водорода
• чёрный для углерода
• голубой для азота
• красный для кислорода
• тёмно-жёлтый для серы
• пурпурный для фосфора
• оттенки от светло- до тёмно-зелёного соответственно для галогенов (F, Cl, Br, I)
• серебряный для металлов (Co, Fe, Ni, Cu)

Типичные цветовые обозначения

Типичные цветовые обозначения в CPK включают:

Некоторые из цветов CPK мнемонически связаны с цветами чистых элементов или их соединений. Например, водород — бесцветный газ, углерод в виде угля или графита чёрный, многие формы серы имеют жёлтый цвет, хлор — зеленоватый газ, бром — тёмно-красная жидкость, иод в эфире фиолетовый, одна из аллотропных модификаций фосфора имеет красный цвет, железная ржавчина имеет тёмно-оранжевый оттенок, и т. д. В случае других элементов, таких как кислород и азот, выбор цвета менее понятен. Вероятно, красный цвет для кислорода был выбран потому что он часто ассоциируется с горением, а голубой цвет для азота обусловлен тем, что это главный компонент земной атмосферы, имеющей голубой оттенок.

Современные варианты

Следующая таблица представляет собой цвета, назначаемые каждому элементу в популярных компьютерных программах. Колонка C содержит изначальные цвета Кори и Полинга,[1] колонка K содержит цвета из патента Колтуна.[2] Колонка J описывает цветовую схему, используемую молекулярным визуализатором Jmol.[3] Колонка R описывает цветовую схему, используемую программой Rasmol; в случае если указаны два цвета, второй актуален для версий 2.7.3 и выше.[3][4] Все цвета даны приблизительно и могут зависеть от дисплея и настроек видео.

Примечания

Ссылки

• What is the basis for the CPK color scheme? Which colors is used for which atom?
• Physical Molecular Models
• Модель Кори-Полинга-Колтуна: стандарт «молекулярного конструктора»

В химии, раскраска по CPK (англ. Corey-Pauling-Koltun, рус. Кори-Полинг-Колтун) — популярная схема цветового обозначения атомов различных химических элементов в молекулярных моделях. Данная схема названа в честь молекулярной модели CPK, созданной Робертом Кори и Лайнусом Полингом и усовершенствованной Уолтером Колтуном.

История

В 1952 году, Кори и Полинг опубликовали описание объёмной модели белков и других биомолекул, которую они создали в Калифорнийском технологическом институте.[1]
Их модель представляла атомы деревянными шариками, раскрашенными в яркие цвета, соответствующие химическим элементам. Их цветовая модель включала:

• белый для водорода
• чёрный для углерода
• голубой для азота
• красный для кислорода

Они также построили уменьшенные модели, используя пластиковые шарики такой же цветовой схемы.

В 1965 году Колтун запатентовал улучшенную версию модели Кори-Полинга.[2] В своём патенте он упоминает следующие цвета:

• белый для водорода
• чёрный для углерода
• голубой для азота
• красный для кислорода
• тёмно-жёлтый для серы
• пурпурный для фосфора
• оттенки от светло- до тёмно-зелёного соответственно для галогенов (F, Cl, Br, I)
• серебряный для металлов (Co, Fe, Ni, Cu)

Типичные цветовые обозначения

Типичные цветовые обозначения в CPK включают:

Некоторые из цветов CPK мнемонически связаны с цветами чистых элементов или их соединений. Например, водород — бесцветный газ, углерод в виде угля или графита чёрный, многие формы серы имеют жёлтый цвет, хлор — зеленоватый газ, бром — тёмно-красная жидкость, иод в эфире фиолетовый, одна из аллотропных модификаций фосфора имеет красный цвет, железная ржавчина имеет тёмно-оранжевый оттенок, и т. д. В случае других элементов, таких как кислород и азот, выбор цвета менее понятен. Вероятно, красный цвет для кислорода был выбран потому что он часто ассоциируется с горением, а голубой цвет для азота обусловлен тем, что это главный компонент земной атмосферы, имеющей голубой оттенок.

Современные варианты

Следующая таблица представляет собой цвета, назначаемые каждому элементу в популярных компьютерных программах. Колонка C содержит изначальные цвета Кори и Полинга,[1] колонка K содержит цвета из патента Колтуна.[2] Колонка J описывает цветовую схему, используемую молекулярным визуализатором Jmol.[3] Колонка R описывает цветовую схему, используемую программой RasMol; в случае если указаны два цвета, второй актуален для версий 2.7.3 и выше.[3][4] Все цвета даны приблизительно и могут зависеть от дисплея и настроек видео.

Примечания

Ссылки

• What is the basis for the CPK color scheme? Which colors is used for which atom?
• Physical Molecular Models
• Модель Кори-Полинга-Колтуна: стандарт «молекулярного конструктора»

В химии, раскраска по CPK (англ. Corey-Pauling-Koltun, рус. Кори-Полинг-Колтун) — популярная схема цветового обозначения атомов различных химических элементов в молекулярных моделях. Данная схема названа в честь молекулярной модели CPK, созданной Робертом Кори и Лайнусом Полингом и усовершенствованной Уолтером Колтуном.

История

В 1952 году, Кори и Полинг опубликовали описание объёмной модели белков и других биомолекул, которую они создали в Калифорнийском технологическом институте.[1]
Их модель представляла атомы деревянными шариками, раскрашенными в яркие цвета, соответствующие химическим элементам. Их цветовая модель включала:

• белый для водорода
• чёрный для углерода
• голубой для азота
• красный для кислорода

Они также построили уменьшенные модели, используя пластиковые шарики такой же цветовой схемы.

В 1965 году Колтун запатентовал улучшенную версию модели Кори-Полинга.[2] В своём патенте он упоминает следующие цвета:

• белый для водорода
• чёрный для углерода
• голубой для азота
• красный для кислорода
• тёмно-жёлтый для серы
• пурпурный для фосфора
• оттенки от светло- до тёмно-зелёного соответственно для галогенов (F, Cl, Br, I)
• серебряный для металлов (Co, Fe, Ni, Cu)

Типичные цветовые обозначения

Типичные цветовые обозначения в CPK включают:

Некоторые из цветов CPK мнемонически связаны с цветами чистых элементов или их соединений. Например, водород — бесцветный газ, углерод в виде угля или графита чёрный, многие формы серы имеют жёлтый цвет, хлор — зеленоватый газ, бром — тёмно-красная жидкость, иод в эфире фиолетовый, одна из аллотропных модификаций фосфора имеет красный цвет, железная ржавчина имеет тёмно-оранжевый оттенок, и т. д. В случае других элементов, таких как кислород и азот, выбор цвета менее понятен. Вероятно, красный цвет для кислорода был выбран потому что он часто ассоциируется с горением, а голубой цвет для азота обусловлен тем, что это главный компонент земной атмосферы, имеющей голубой оттенок.

Современные варианты

Следующая таблица представляет собой цвета, назначаемые каждому элементу в популярных компьютерных программах. Колонка C содержит изначальные цвета Кори и Полинга,[1] колонка K содержит цвета из патента Колтуна.[2] Колонка J описывает цветовую схему, используемую молекулярным визуализатором Jmol.[3] Колонка R описывает цветовую схему, используемую программой Rasmol; в случае если указаны два цвета, второй актуален для версий 2.7.3 и выше.[3][4] Все цвета даны приблизительно и могут зависеть от дисплея и настроек видео.

Напишите отзыв о статье “Цветовая схема моделей Кори — Полинга — Колтуна”

Примечания

Ссылки

• [www.biosino.org/mirror/www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cn3d/cn3dfaq.html#colorCPK What is the basis for the CPK color scheme? Which colors is used for which atom?]
• [www.netsci.org/Science/Compchem/feature14b.html Physical Molecular Models]
• [biomolecula.ru/content/50/#c22 Модель Кори-Полинга-Колтуна: стандарт «молекулярного конструктора»]

Отрывок, характеризующий Цветовая схема моделей Кори — Полинга — Колтуна

– Ах, желала бы я быть мужчиной, я бы непременно осталась с вами. Ах, как это хорошо! – сказала Наташа. – Мама, позвольте, я останусь. – Пьер рассеянно посмотрел на Наташу и что то хотел сказать, но графиня перебила его:
– Вы были на сражении, мы слышали?
– Да, я был, – отвечал Пьер. – Завтра будет опять сражение… – начал было он, но Наташа перебила его:
– Да что же с вами, граф? Вы на себя не похожи…
– Ах, не спрашивайте, не спрашивайте меня, я ничего сам не знаю. Завтра… Да нет! Прощайте, прощайте, – проговорил он, – ужасное время! – И, отстав от кареты, он отошел на тротуар.
Наташа долго еще высовывалась из окна, сияя на него ласковой и немного насмешливой, радостной улыбкой.

Пьер, со времени исчезновения своего из дома, ужа второй день жил на пустой квартире покойного Баздеева. Вот как это случилось.
Проснувшись на другой день после своего возвращения в Москву и свидания с графом Растопчиным, Пьер долго не мог понять того, где он находился и чего от него хотели. Когда ему, между именами прочих лиц, дожидавшихся его в приемной, доложили, что его дожидается еще француз, привезший письмо от графини Елены Васильевны, на него нашло вдруг то чувство спутанности и безнадежности, которому он способен был поддаваться. Ему вдруг представилось, что все теперь кончено, все смешалось, все разрушилось, что нет ни правого, ни виноватого, что впереди ничего не будет и что выхода из этого положения нет никакого. Он, неестественно улыбаясь и что то бормоча, то садился на диван в беспомощной позе, то вставал, подходил к двери и заглядывал в щелку в приемную, то, махая руками, возвращался назад я брался за книгу. Дворецкий в другой раз пришел доложить Пьеру, что француз, привезший от графини письмо, очень желает видеть его хоть на минутку и что приходили от вдовы И. А. Баздеева просить принять книги, так как сама г жа Баздеева уехала в деревню.
– Ах, да, сейчас, подожди… Или нет… да нет, поди скажи, что сейчас приду, – сказал Пьер дворецкому.
Но как только вышел дворецкий, Пьер взял шляпу, лежавшую на столе, и вышел в заднюю дверь из кабинета. В коридоре никого не было. Пьер прошел во всю длину коридора до лестницы и, морщась и растирая лоб обеими руками, спустился до первой площадки. Швейцар стоял у парадной двери. С площадки, на которую спустился Пьер, другая лестница вела к заднему ходу. Пьер пошел по ней и вышел во двор. Никто не видал его. Но на улице, как только он вышел в ворота, кучера, стоявшие с экипажами, и дворник увидали барина и сняли перед ним шапки. Почувствовав на себя устремленные взгляды, Пьер поступил как страус, который прячет голову в куст, с тем чтобы его не видали; он опустил голову и, прибавив шагу, пошел по улице.
Из всех дел, предстоявших Пьеру в это утро, дело разборки книг и бумаг Иосифа Алексеевича показалось ему самым нужным.
Он взял первого попавшегося ему извозчика и велел ему ехать на Патриаршие пруды, где был дом вдовы Баздеева.
Беспрестанно оглядываясь на со всех сторон двигавшиеся обозы выезжавших из Москвы и оправляясь своим тучным телом, чтобы не соскользнуть с дребезжащих старых дрожек, Пьер, испытывая радостное чувство, подобное тому, которое испытывает мальчик, убежавший из школы, разговорился с извозчиком.
Извозчик рассказал ему, что нынешний день разбирают в Кремле оружие, и что на завтрашний народ выгоняют весь за Трехгорную заставу, и что там будет большое сражение.
Приехав на Патриаршие пруды, Пьер отыскал дом Баздеева, в котором он давно не бывал. Он подошел к калитке. Герасим, тот самый желтый безбородый старичок, которого Пьер видел пять лет тому назад в Торжке с Иосифом Алексеевичем, вышел на его стук.
– Дома? – спросил Пьер.
– По обстоятельствам нынешним, Софья Даниловна с детьми уехали в торжковскую деревню, ваше сиятельство.
– Я все таки войду, мне надо книги разобрать, – сказал Пьер.
– Пожалуйте, милости просим, братец покойника, – царство небесное! – Макар Алексеевич остались, да, как изволите знать, они в слабости, – сказал старый слуга.
Макар Алексеевич был, как знал Пьер, полусумасшедший, пивший запоем брат Иосифа Алексеевича.
– Да, да, знаю. Пойдем, пойдем… – сказал Пьер и вошел в дом. Высокий плешивый старый человек в халате, с красным носом, в калошах на босу ногу, стоял в передней; увидав Пьера, он сердито пробормотал что то и ушел в коридор.
– Большого ума были, а теперь, как изволите видеть, ослабели, – сказал Герасим. – В кабинет угодно? – Пьер кивнул головой. – Кабинет как был запечатан, так и остался. Софья Даниловна приказывали, ежели от вас придут, то отпустить книги.
Пьер вошел в тот самый мрачный кабинет, в который он еще при жизни благодетеля входил с таким трепетом. Кабинет этот, теперь запыленный и нетронутый со времени кончины Иосифа Алексеевича, был еще мрачнее.
Герасим открыл один ставень и на цыпочках вышел из комнаты. Пьер обошел кабинет, подошел к шкафу, в котором лежали рукописи, и достал одну из важнейших когда то святынь ордена. Это были подлинные шотландские акты с примечаниями и объяснениями благодетеля. Он сел за письменный запыленный стол и положил перед собой рукописи, раскрывал, закрывал их и, наконец, отодвинув их от себя, облокотившись головой на руки, задумался.
Несколько раз Герасим осторожно заглядывал в кабинет и видел, что Пьер сидел в том же положении. Прошло более двух часов. Герасим позволил себе пошуметь в дверях, чтоб обратить на себя внимание Пьера. Пьер не слышал его.
– Извозчика отпустить прикажете?
– Ах, да, – очнувшись, сказал Пьер, поспешно вставая. – Послушай, – сказал он, взяв Герасима за пуговицу сюртука и сверху вниз блестящими, влажными восторженными глазами глядя на старичка. – Послушай, ты знаешь, что завтра будет сражение?..
– Сказывали, – отвечал Герасим.
– Я прошу тебя никому не говорить, кто я. И сделай, что я скажу…
– Слушаюсь, – сказал Герасим. – Кушать прикажете?
– Нет, но мне другое нужно. Мне нужно крестьянское платье и пистолет, – сказал Пьер, неожиданно покраснев.
– Слушаю с, – подумав, сказал Герасим.
Весь остаток этого дня Пьер провел один в кабинете благодетеля, беспокойно шагая из одного угла в другой, как слышал Герасим, и что то сам с собой разговаривая, и ночевал на приготовленной ему тут же постели.
Герасим с привычкой слуги, видавшего много странных вещей на своем веку, принял переселение Пьера без удивления и, казалось, был доволен тем, что ему было кому услуживать. Он в тот же вечер, не спрашивая даже и самого себя, для чего это было нужно, достал Пьеру кафтан и шапку и обещал на другой день приобрести требуемый пистолет. Макар Алексеевич в этот вечер два раза, шлепая своими калошами, подходил к двери и останавливался, заискивающе глядя на Пьера. Но как только Пьер оборачивался к нему, он стыдливо и сердито запахивал свой халат и поспешно удалялся. В то время как Пьер в кучерском кафтане, приобретенном и выпаренном для него Герасимом, ходил с ним покупать пистолет у Сухаревой башни, он встретил Ростовых.

1 го сентября в ночь отдан приказ Кутузова об отступлении русских войск через Москву на Рязанскую дорогу.
Первые войска двинулись в ночь. Войска, шедшие ночью, не торопились и двигались медленно и степенно; но на рассвете двигавшиеся войска, подходя к Дорогомиловскому мосту, увидали впереди себя, на другой стороне, теснящиеся, спешащие по мосту и на той стороне поднимающиеся и запружающие улицы и переулки, и позади себя – напирающие, бесконечные массы войск. И беспричинная поспешность и тревога овладели войсками. Все бросилось вперед к мосту, на мост, в броды и в лодки. Кутузов велел обвезти себя задними улицами на ту сторону Москвы.
К десяти часам утра 2 го сентября в Дорогомиловском предместье оставались на просторе одни войска ариергарда. Армия была уже на той стороне Москвы и за Москвою.
В это же время, в десять часов утра 2 го сентября, Наполеон стоял между своими войсками на Поклонной горе и смотрел на открывавшееся перед ним зрелище. Начиная с 26 го августа и по 2 е сентября, от Бородинского сражения и до вступления неприятеля в Москву, во все дни этой тревожной, этой памятной недели стояла та необычайная, всегда удивляющая людей осенняя погода, когда низкое солнце греет жарче, чем весной, когда все блестит в редком, чистом воздухе так, что глаза режет, когда грудь крепнет и свежеет, вдыхая осенний пахучий воздух, когда ночи даже бывают теплые и когда в темных теплых ночах этих с неба беспрестанно, пугая и радуя, сыплются золотые звезды.
2 го сентября в десять часов утра была такая погода. Блеск утра был волшебный. Москва с Поклонной горы расстилалась просторно с своей рекой, своими садами и церквами и, казалось, жила своей жизнью, трепеща, как звезды, своими куполами в лучах солнца.
При виде странного города с невиданными формами необыкновенной архитектуры Наполеон испытывал то несколько завистливое и беспокойное любопытство, которое испытывают люди при виде форм не знающей о них, чуждой жизни. Очевидно, город этот жил всеми силами своей жизни. По тем неопределимым признакам, по которым на дальнем расстоянии безошибочно узнается живое тело от мертвого. Наполеон с Поклонной горы видел трепетание жизни в городе и чувствовал как бы дыханио этого большого и красивого тела.
– Cette ville asiatique aux innombrables eglises, Moscou la sainte. La voila donc enfin, cette fameuse ville! Il etait temps, [Этот азиатский город с бесчисленными церквами, Москва, святая их Москва! Вот он, наконец, этот знаменитый город! Пора!] – сказал Наполеон и, слезши с лошади, велел разложить перед собою план этой Moscou и подозвал переводчика Lelorgne d’Ideville. «Une ville occupee par l’ennemi ressemble a une fille qui a perdu son honneur, [Город, занятый неприятелем, подобен девушке, потерявшей невинность.] – думал он (как он и говорил это Тучкову в Смоленске). И с этой точки зрения он смотрел на лежавшую перед ним, невиданную еще им восточную красавицу. Ему странно было самому, что, наконец, свершилось его давнишнее, казавшееся ему невозможным, желание. В ясном утреннем свете он смотрел то на город, то на план, проверяя подробности этого города, и уверенность обладания волновала и ужасала его.
«Но разве могло быть иначе? – подумал он. – Вот она, эта столица, у моих ног, ожидая судьбы своей. Где теперь Александр и что думает он? Странный, красивый, величественный город! И странная и величественная эта минута! В каком свете представляюсь я им! – думал он о своих войсках. – Вот она, награда для всех этих маловерных, – думал он, оглядываясь на приближенных и на подходившие и строившиеся войска. – Одно мое слово, одно движение моей руки, и погибла эта древняя столица des Czars. Mais ma clemence est toujours prompte a descendre sur les vaincus. [царей. Но мое милосердие всегда готово низойти к побежденным.] Я должен быть великодушен и истинно велик. Но нет, это не правда, что я в Москве, – вдруг приходило ему в голову. – Однако вот она лежит у моих ног, играя и дрожа золотыми куполами и крестами в лучах солнца. Но я пощажу ее. На древних памятниках варварства и деспотизма я напишу великие слова справедливости и милосердия… Александр больнее всего поймет именно это, я знаю его. (Наполеону казалось, что главное значение того, что совершалось, заключалось в личной борьбе его с Александром.) С высот Кремля, – да, это Кремль, да, – я дам им законы справедливости, я покажу им значение истинной цивилизации, я заставлю поколения бояр с любовью поминать имя своего завоевателя. Я скажу депутации, что я не хотел и не хочу войны; что я вел войну только с ложной политикой их двора, что я люблю и уважаю Александра и что приму условия мира в Москве, достойные меня и моих народов. Я не хочу воспользоваться счастьем войны для унижения уважаемого государя. Бояре – скажу я им: я не хочу войны, а хочу мира и благоденствия всех моих подданных. Впрочем, я знаю, что присутствие их воодушевит меня, и я скажу им, как я всегда говорю: ясно, торжественно и велико. Но неужели это правда, что я в Москве? Да, вот она!»
– Qu’on m’amene les boyards, [Приведите бояр.] – обратился он к свите. Генерал с блестящей свитой тотчас же поскакал за боярами.
Прошло два часа. Наполеон позавтракал и опять стоял на том же месте на Поклонной горе, ожидая депутацию. Речь его к боярам уже ясно сложилась в его воображении. Речь эта была исполнена достоинства и того величия, которое понимал Наполеон.
Тот тон великодушия, в котором намерен был действовать в Москве Наполеон, увлек его самого. Он в воображении своем назначал дни reunion dans le palais des Czars [собраний во дворце царей.], где должны были сходиться русские вельможи с вельможами французского императора. Он назначал мысленно губернатора, такого, который бы сумел привлечь к себе население. Узнав о том, что в Москве много богоугодных заведений, он в воображении своем решал, что все эти заведения будут осыпаны его милостями. Он думал, что как в Африке надо было сидеть в бурнусе в мечети, так в Москве надо было быть милостивым, как цари. И, чтобы окончательно тронуть сердца русских, он, как и каждый француз, не могущий себе вообразить ничего чувствительного без упоминания о ma chere, ma tendre, ma pauvre mere, [моей милой, нежной, бедной матери ,] он решил, что на всех этих заведениях он велит написать большими буквами: Etablissement dedie a ma chere Mere. Нет, просто: Maison de ma Mere, [Учреждение, посвященное моей милой матери… Дом моей матери.] – решил он сам с собою. «Но неужели я в Москве? Да, вот она передо мной. Но что же так долго не является депутация города?» – думал он.
Между тем в задах свиты императора происходило шепотом взволнованное совещание между его генералами и маршалами. Посланные за депутацией вернулись с известием, что Москва пуста, что все уехали и ушли из нее. Лица совещавшихся были бледны и взволнованны. Не то, что Москва была оставлена жителями (как ни важно казалось это событие), пугало их, но их пугало то, каким образом объявить о том императору, каким образом, не ставя его величество в то страшное, называемое французами ridicule [смешным] положение, объявить ему, что он напрасно ждал бояр так долго, что есть толпы пьяных, но никого больше. Одни говорили, что надо было во что бы то ни стало собрать хоть какую нибудь депутацию, другие оспаривали это мнение и утверждали, что надо, осторожно и умно приготовив императора, объявить ему правду.
– Il faudra le lui dire tout de meme… – говорили господа свиты. – Mais, messieurs… [Однако же надо сказать ему… Но, господа…] – Положение было тем тяжеле, что император, обдумывая свои планы великодушия, терпеливо ходил взад и вперед перед планом, посматривая изредка из под руки по дороге в Москву и весело и гордо улыбаясь.
– Mais c’est impossible… [Но неловко… Невозможно…] – пожимая плечами, говорили господа свиты, не решаясь выговорить подразумеваемое страшное слово: le ridicule…
Между тем император, уставши от тщетного ожидания и своим актерским чутьем чувствуя, что величественная минута, продолжаясь слишком долго, начинает терять свою величественность, подал рукою знак. Раздался одинокий выстрел сигнальной пушки, и войска, с разных сторон обложившие Москву, двинулись в Москву, в Тверскую, Калужскую и Дорогомиловскую заставы. Быстрее и быстрее, перегоняя одни других, беглым шагом и рысью, двигались войска, скрываясь в поднимаемых ими облаках пыли и оглашая воздух сливающимися гулами криков.